產(chǎn)品介紹

背景介紹

• 染色體畸變廣泛存在于各類基因組病、腫瘤等疾病中。如在流產(chǎn)胚胎中，50%以上存在染色體非整倍體、微缺失與微重復(fù)等染色體畸變。傳統(tǒng)的染色體畸變的檢測方案包括核型分析、染色體微陣列分析等，但存在成本高、精度低等缺點。
• 全基因組低深度測序是近年來發(fā)展起來的一種高效的染色體畸變檢驗方案，它是以二代測序技術(shù)為基礎(chǔ)，在較低的測度覆蓋底情形下，通過對測序片段的分布統(tǒng)計學(xué)分析來判斷染色體畸變，兼具分辨高、結(jié)果準(zhǔn)確、成本低廉等優(yōu)勢。

技術(shù)原理

• 采用質(zhì)控合格的基因組DNA，制備二代測序文庫并上機(jī)測序，通過生物信息學(xué)分析獲得待檢樣本中23條染色體的倍型、微缺失與微重復(fù)等染色體畸變結(jié)果。

特色與優(yōu)勢

產(chǎn)品特點

• 測序深度低：0.1x-0.5x測序覆蓋度即可滿足生物信息學(xué)分析要求
• 獨創(chuàng)分析模型：獨有的生物信息學(xué)分析型模型，在上述測序深度下，可獲得與傳統(tǒng)1x-5x覆蓋度等效的分析結(jié)果。
• 分辨率高：可實現(xiàn)23條染色體非整倍體與100kb以上微缺失與微重復(fù)的檢驗
• 準(zhǔn)確性高：檢驗結(jié)果與國家參考品盤一致率100%。

適用人群

• 自發(fā)性流產(chǎn)和復(fù)發(fā)性流產(chǎn)原因排查
• 智力發(fā)育障礙、行為障礙（自閉癥樣譜系障礙）原因排查
• 生長發(fā)育障礙（如發(fā)育遲緩、小頭畸形、矮小癥等）原因排查

流程與參數(shù)

實驗流程

• DNA提取與質(zhì)控：常規(guī)提取基因組DNA，濃度不低于10ng/uL。提取的基因組DNA采用本公司21、18、13和性染色體倍型檢測試劑盒（熒光PCR-毛細(xì)管電泳法）試劑盒進(jìn)行質(zhì)控，排除母源細(xì)胞污染與無關(guān)個體污染。（重要！！！：此為全基因組低深度測序的必須步驟）
• 二代測序文庫制備：依據(jù)本試劑盒產(chǎn)品說明書，制備二代測序文庫（重要！！！：針對不同的二代測序平臺，提供對應(yīng)的文庫制備試劑盒）
• 上機(jī)測序：參照相應(yīng)的二代測序平臺，按要求將相應(yīng)的文庫上機(jī)測序。
• 生物信息學(xué)分析與報告：采用本公司獨有的生物信息學(xué)分析流程進(jìn)行分析與報告。

適用樣本

• 適用于各類臨床樣本所提取的基因組DNA，包括靜脈全血、臍血、唾液脫落細(xì)胞、羊水、絨毛膜等。DNA濃度不低于10ng/uL。
  

分析結(jié)果展示

圖1 - 嵌合型21三體綜合征（10%）檢驗結(jié)果

圖2 - 微缺失與微重復(fù)檢驗結(jié)果

常見問題?

Q1. 本試劑盒相較核型分析的優(yōu)劣有哪些？

• 核型分析仍是產(chǎn)前診斷中心的基礎(chǔ)技術(shù)手段，用于染色體整倍體改變、染色體非整倍體、大的微缺失或微重復(fù)（10Mb以上）、染色體倒位與易位等染色體畸變的檢驗。
• 全基因組低深度測序在染色體非整倍體檢驗?zāi)芰εc與核型分析的檢出率與準(zhǔn)確性相當(dāng)，在微缺失與微重復(fù)檢驗上相較核型分析具有更高的分辨率，可檢出100Kb以上的微缺失與微重復(fù)。在嵌合型非整倍體檢驗?zāi)芰ι希蓹z出5%以上的染色體嵌合。
• 通過本試劑盒對流產(chǎn)物的檢驗，可推斷父母是否為染色體平衡易位攜帶者。
• 本試劑盒不能檢出染色體整倍體改變和染色體倒位。

Q2. 本試劑盒相較CMA芯片的優(yōu)勢有哪些？

• CMA芯片可用于染色體整倍體、非整倍體、微缺失與重復(fù)檢驗；可檢出30%或以上的非整倍體嵌合；可檢出單親同二體、LOH等，不能檢出單親異二體。
• 全基因組低深度測序在非整倍體檢出率與準(zhǔn)確性上與CMA芯片相當(dāng)；在特定位置上微缺失與重復(fù)的檢出能力低于CMA芯片，但由于測序片段分布的隨機(jī)性，全基因組低深度測序可檢出CMA芯片探針未覆蓋區(qū)域的100Kb以上的微缺失與微重復(fù)；在嵌合型非整體檢驗?zāi)芰ι希蚪M低深度測序顯著優(yōu)于CMA芯片，可檢出5%以上的嵌合型非整倍體。
• 全基因組低深度測序技術(shù)不能檢出單親二倍體、LOH等。

Q3. 全基因組低深度測序可替代核型分析和/或CMA芯片嗎？?

• 不同的染色體畸變檢驗方案具有不同的獨特優(yōu)勢。并不具備一種技術(shù)完全替代另一種技術(shù)的可能性。但在不同技術(shù)方案的選擇上，具有先后順序的選擇性。
• 在全基因組低深度測序或CMA檢驗時，均需要通過QF-PCR技術(shù)（如本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒，或本公司的單親二倍體檢驗試劑盒）對檢驗樣本進(jìn)行質(zhì)控，因此：
• 聯(lián)合本試劑盒與本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒：可解決染色體整倍體（包括全基因組單親二倍體如葡萄胎等）、非整倍體、嵌合型非整倍體、微缺失與微重復(fù)；同時可排除母源細(xì)胞污染的影響；對于該方案檢驗陰性的樣本可考慮再行核型分析或CMA芯片。
• 聯(lián)合本試劑盒與本公司的單親二倍體驗試劑盒：相較上述方案，可進(jìn)一步解決致病性單親異二體、單親同二體。

Q4. 使用本試劑盒應(yīng)注意哪些問題？

• 關(guān)于樣本質(zhì)控：無論是使用本公司的全基因組低深度測序試劑盒，或是其它的CNVseq、或CNVseq plus或CMA芯片進(jìn)行檢驗前，均需要采用QF-PCR技術(shù)（如本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒），對待檢基因組DNA進(jìn)行質(zhì)控，以排除樣本的母源細(xì)胞污染、無關(guān)個體污染。此為前提步驟。
• 關(guān)于測序文庫構(gòu)建：當(dāng)前主流的三種二代測序平臺，相應(yīng)的測序文庫構(gòu)建方案相互間存在一定差異，應(yīng)依據(jù)自身的二代測序平臺，選擇適應(yīng)該測序平臺的本試劑盒。
• 關(guān)于測序數(shù)據(jù)量：無論采用何種二代測序平臺，使用本試劑盒時，平均測序深度不應(yīng)超過1x，推薦0.1x-0.5x。
• 關(guān)于生物信息學(xué)分析：采用本試劑盒獲得的二代測序數(shù)據(jù)，必須采用本試劑盒配套的、本公司獨有的生物信息學(xué)分析流程進(jìn)行分析與報告。